El Directorio del CEBIAE es la instancia máxima en la institución. Está constituído, de acuerdo a los estatutos, por dos miembros de la Iglesia Católica, dos en representación de la Iglesia Luterana y dos pertenecientes a la Iglesia Metodista; completan este órgano de toma de decisiones el director o directora en funciones de la institución y un o una representante del personal

Miembros

Actualmente el Directorio del CEBIAE está conformado por las siguientes personas:

• R.P. Víctor Blajot Penna. Sacerdote Jesuita, Presidente Honorario CEBIAE (+)

• Francisco Flores Balanza.  Sacerdote Jesuita. Presidente Directorio CEBIAE. Secretario Adjunto Conferencia Episcopal Boliviana, r epresentación de la Comisión Episcopal de Educación de la Iglesia Católica.

• Damián Quispe Cayllanti. Profesor laico luterano. Vicepresidente Directorio CEBIAE. Secretario de Educación de la Iglesia Luterana,  representante de la Iglesia Evangélica Luterana en Bolivia.

• Fidel Ticona Mamani.  Pedagogo aymara con amplia trayectoria. Secretario del Directorio CEBIAE. Miembro del Directorio del CEBIAE en representación de la Iglesia Evangélica Metodista en Bolivia.

• Burkhard Sievers. Pastor Iglesia Luterana de habla alemana. Miembro del Directorio del CEBIAE en representación de la Iglesia Luterana de Habla Alemana en Bolivia.

• Eduardo González Saá.  Secretario Nacional de la Comisión Episcopal de Educación (CEE) de la Conferencia Episcopal Boliviana (CEB), Doctor en Educación y Desarrollo, miembro del Directorio del CEBIAE en representación de la Comisión Episcopal de Educación de Iglesia Católica.

• Serafín Ajhuacho Condo. Pedagogo quechua con trayectoria en el campo educativo. Miembro del Directorio del CEBIAE en representación de la Iglesia Evangélica Metodista en Bolivia.

• Marisabel Paz Céspedes. Lic. En Trabajo Social; Especialista en género y desarrollo; Magíster en Políticas Educativas; Diplomado en metodologías de enseñanza-aprendizaje en educación superior; Diplomado en Desarrollo Local. Miembro del Directorio del CEBIAE en su calidad de Directora de la institución.
  
  
• Arturo Choque Montaño. Miembro del equipo técnico del CEBIAE, Miembro del Directorio del CEBIAE en representación del personal de la institución.